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La historia de la ciudad se remonta a la época pre-colombina, en la cual la zona que hoy comprende la ciudad estaba habitada por las tribus de las culturas Quimbaya y Pijao, ampliamente reconocidas por su orfebrería. En esta región, el mariscal Jorge Robledofundó la ciudad de Cartago el 9 de agosto de 1540, pero el asedio de los pijaos o bien razones de conveniencia económica, produjeron el traslado de dicha ciudad al sitio que ocupa actualmente en el norte del Valle del Cauca, en 1691, hacia las márgenes del río La Vieja. Entonces la región volvió a tornarse selvática y sepultó los vestigios que quedaban de civilización. Sobre las escasas ruinas de la población española, cruzada por la vía que conducía del Valle del Cauca a Medellín, a través de Manizales, ya habían construido sus moradas un grupo de 20 familias antioqueñas cuando un puñado de vallecaucanos apareció a fundar la población de Cartago La Vieja, hoy Pereira. No obstante que la iniciativa formal de la fundación provino del grupo caucano, el surgimiento de Pereira fue un capítulo más de la colonización antioqueña, y la contribución de otros grupos sociales como el caucano, fue en sus comienzos relativamente escasa.

Tiempo después, con el ideal de revivir esta ciudad, que hasta entonces era una zona selvática, el 24 de agosto de 1863, el presbítero Remigio Antonio Cañarte y Jesús María Ormaza Niño, entre otros, regresaron a las ruinas de la antigua Cartago, donde establecieron unas cuantas chozas que fueron bendecidas el 30 de agosto del mismo año (1863).5​

Durante 6 años se llamó Cartago Viejo, pero en 1869 la municipalidad de Cartago le dio el nombre de Villa de Pereira, en honor al doctor Francisco Pereira Martínez, quien en 1816 se refugiara en la zona, junto con su hermano Manuel Pereira, tras la derrota de las huestes patriotas de Simón Bolívar en la batalla de Cachirí y manifestase tiempo después el deseo de que se estableciese una ciudad en dichos predios.

A partir de 1870 y sobre todo como resultado de las guerras civiles de 1876 y 1885, la región recibió una nueva oleada de inmigrantes procedentes de Antioquia. Con la circunstancia de que ahora se trataba de un elemento humano de condiciones sociales y psicológicas diferentes. El grupo de 1863 y años siguientes había estado formado por descuajadores de selva que sólo aspiraban a tener una sola parcela; el segundo grupo lo integraban hombres de mayores ambiciones y mayor capacidad empresarial. Algunos de ellos estaban vinculados a capitales antioqueños que financiaban sus actividades, que derribaban montañas y abrían haciendas ganaderas utilizando peonadas y fuertes inversiones de capital.6​

La llegada a la ciudad de un grupo de comerciantes y profesionales a fines de la pasada centuria y comienzos de la presente, introdujo la educación como un nuevo motivo de diferenciación social. Surgió ya un grupo que se hizo dirigente de las actividades económicas, cívicas y políticas de la ciudad, gracias a un mayor grado de cultural.

En los años 50, en la época de "La violencia", período de lucha política bipartidista en el país, Pereira se convirtió en un sitio de refugio de miles de colombianos, cuadruplicando su población y creando un crisol nacional que cambió para siempre su comunidad, condensando la vocación de ciudad plural que tendría en adelante.7​

En los últimos años, la ciudad ha logrado una identidad urbana y un crecimiento significativo en su nivel cultural; la integración social y el nivel de educación más alto y generalizado le están permitiendo a la ciudad un crecimiento sostenido, no sólo económico, sino también cultural.[cita requerida]

Pereira fue la ciudad donde tuvo lugar el último fusilamiento en Colombia: en varias oportunidades la Corte salvó del último suplicio a menores de buena conducta y en otras ocasiones los condenó; tal es el caso de David López, de 19 años, quien fuera procesado por el asesinato de Ricardo Torres, el 30 de noviembre de 1888. López agotó infructuosamente los recursos para salvar su vida; moriría en Pereira el 26 de julio de 1890, después de indicarle al pelotón que le disparara directo al corazón. David López fue fusilado en Pereira y pasó a ser el último fusilamiento amparado por la ley en Colombia. 8​

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​https://es.wikipedia.org/wiki/Pereira